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案例分享避免传统PCR对常见融合的漏检,
导读
大部分血液肿瘤患者存在缺失、重复、易位等染色体畸变,畸变产生了新的融合基因,编码融合蛋白。迄今报道的融合基因多达近千种,这些融合基因已经逐渐成为血液肿瘤的分子生物学特异性标志物,在诊断、分型、预后/危险度分层以及治疗方案选择上均有重要意义。而传统方法只能覆盖40余种常见融合,但仅就这40余种已覆盖的融合而言,就不会漏检了么?
受检者情况
男性,31岁。
AML-M5(急性单核细胞白血病)。
检测背景
核型检查结果:46,XY,t(10;11)(p12;q13)[20]。但常规融合基因检测结果阴性,未能检测到融合基因,MIC危险度分层为中危。后进行优睿?血液肿瘤融合基因检测。
优睿?
检测结果
发现了2种融合基因:
MLL-AF10:MLL(11q23.3)-AF10(10p12.31)
AF10-SNX32:AF10(10p12.31)-SNX32(11q13.1)
结果分析
根据NCCN指南,MLL-AF10对应核型为t(10;11)(p12;q13),其预后/危险度分层为明确高危。综合优睿?血液肿瘤融合基因检测结果,可将病人的危险分级由中危调整为高危,这对于患者后期的治疗方案选择具有非常意义。
根据成人急性髓系白血病(非急性早幼粒细胞白血病)中国诊疗指南(年版),该患者CR后的治疗方案选择应按预后不良组进行,其内容如下[1]:
预后不良组:
①尽早行allo-HSCT。寻找供者期间行1~2个疗程的中大剂量Ara-C为基础的化疗或标准剂量化疗。
②无条件移植者予大剂量Ara-C(3g/m2,每12h1次,6个剂量),3~4个疗程,单药应用。
③其他巩固治疗方案:
a.2~3个疗程的中大剂量Ara-C为基础的化疗,或标准剂量化疗巩固治疗,继而行auto-HSCT。
b.标准剂量化疗巩固治疗(≥6个疗程)。
案例点评
MLL-AF10在传统融合基因检测的范围以内,但是在本次案例中并未检出,这是为什么呢?
分析原因发现,传统的PCR检测阴性是由于引物设计未覆盖到该融合位点造成的。而临床上常见的融合基因大多存在多种融合位点,传统检测方式仅选择了主要的融合类型,因此会造成一定的漏检情况。
实际上,常见融合的非典型融合形式是普遍存在的,可参见下图,不同融合的典型融合其实只占了一部分而已,临床上的漏检比例由于技术原因暂时无法被准确评估。
而采用NGS测序技术的优睿?血液肿瘤融合基因检测在无需知道融合位点的情况下,即可实现融合基因的检测,避免了传统PCR对常见融合的漏检,实现精准检测。最终使得血液肿瘤危险度分层更加精准,让患者能够获得更有针对性的治疗方案。
参考文献:
[1]中华医学会血液学分会白血病淋巴瘤学组.成人急性髓系白血病(非急性早幼粒细胞白血病)中国诊疗指南(年版)[J].中华血液学杂志,,38(3):-.
优睿?血液肿瘤融合基因检测
基于新一代高通量测序平台,可一次性检测数百种基因的近千种融合,全面覆盖临床常见、权威数据库及最新研究进展中涉及血液肿瘤相关融合。为血液肿瘤的诊断、分型、临床治疗选择和预后判断提供重要依据,同时为血液肿瘤患者提供更多可能的微残检测(minimalresidualdisease,MRD)靶点。
优迅医学系国高新技术产业单位,新三板上市企业,是中国癌症基金会合作机构,全国肿瘤诊疗通量检测室间质评满分单位,同时还是ctDNA大规模液态活检临床试验的推动者、国家科技部“十三五”重点研发计划课题承担方。优迅医学致力于规模化出生缺陷监测服务与肿瘤精准医疗开发服务,在肿瘤精准医疗领域,可为患者提供准确的个体化用药基因检测,并拥有CTC和ctDNA两项液态活检检测技术帮助实现肿瘤预后评估、动态监测、耐药复发监测。此外,肿瘤遗传性相关检测可帮助患者及家属提前预知患病风险,防止肿瘤的发生。
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